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O registro genealógico confiável é fundamental para possibilitar a implantaç?o de um programa de avaliaç?o genética. Os marcadores de microssatélites constituem uma ferramenta amplamente utilizada atualmente para confirmaç?o de paternidade. No Brasil, a caprinocultura possui um grande potencial para a pecuária, principalmente na agricultura familiar do semi-árido. As principais raças de caprinos especializadas para produç?o de leite no Brasil s?o a Alpina e a Saanen, ambas de origem européia. Na Regi?o Nordeste, detentora do maior rebanho caprino do País, existem raças naturalizadas adaptadas ?s condiç?es adversas do semi-árido, que possuem diversidade genética desconhecida. Estas raças t?m sido cruzadas de forma indiscriminada com diversas raças importadas, pondo em risco o seu potencial genético.